Публикации

2015 год

  1. Antontseva E.V., Matveeva M.Y., Bondar N.P., Kashina E.V., Leberfarb E.Y., Bryzgalov L.O., Gervas P.A., Ponomareva A.A., Cherdyntseva N.V., Orlov Y.L., Merkulova T.I. Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene // J Biosci. 2015 Dec;40(5):873-83.
  2. Babenko V.N., Matvienko V.F., Safronova N.S. (2015) 19 Implication of transposons distribution on chromatin state and genome architecture in human // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 33 Suppl 1:10-1. Doi:10.1080/07391102.2015.1032559.
  3. Bai H., Liu H., Suyalatu S., Guo X., Chu S., Chen Y., Lan T., Borjigin B., Orlov Y.L., Posukh O.L., Yang X., Guilan G., Osipova L.P., Wu Q., Narisu N. Association Analysis of Genetic Variants with Type 2 Diabetes in a Mongolian Population in China // J Diabetes Res. 2015;2015:613236. doi: 10.1155/2015/613236.
  4. Balasov M, Akhmetova K, Chesnokov I. Drosophila model of Meier-Gorlin syndrome based on the mutation in a conserved C-Terminal domain of Orc6 // Am J Med Genet A. 2015. Vol.167. P. 2533-2540. doi:10.1002/ajmg.a.37214
  5. Battulin N., Fishman V.S., Mazur A.M., Pomaznoy M., Khabarova A.A., Afonnikov D.A., Prokhortchouk E.B., Serov O.L. Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach // Genome Biology, 2015. 16:77
  6. Dobrovolskaya O., Pont C., Sibout R., Martinek P., Badaeva E., Murat F., Chosson A., Watanabe N., Prat E., Gautier N., Gautier V., Poncet C., Orlov Y.L., Krasnikov A.A., Berges H., Salina E., Laikova L., Salse J. FRIZZY PANICLE Drives Supernumerary Spikelets in Bread Wheat // Plant Physiol. 2015. 167(1):189-99. Epub 2014 Nov 14.
  7. Glotov A.S., Tiys E.S., Vashukova E.S., Pakin V.S., Demenkov P.S., Saik O.V., Ivanisenko T.V., Arzhanova O.N., Mozgovaya E.V., Zainulina M.S., Kolchanov N.A., Baranov V.S., Ivanisenko V.A.Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) // BMC Systems Biology 2015, 9(Suppl 2):S4
  8. Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P., Rogaev E.I. The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain BMC Genomics 2015, 16(Suppl 13):S4 ) doi:10.1186/1471-2164-16-S13-S4
  9. Ivanisenko V.A., Saik O.V., Ivanisenko N.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Kolchanov N.A. ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology // BMC Systems Biology 2015, 9(Suppl 2):S2
  10. Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor // BMC Evolutionary Biology 2015, 15(Suppl 1):S3.
  11. Kudryavtseva N.N., Markel A.L., Orlov Yu.L. Aggressive behavior: Genetic and physiological mechanisms // Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2015, Volume 5, Issue 4, pp 413-429.
  12. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. On the types of bacterial growth laws. Math. Biol. Bioinf. 2015;10(Suppl.):t20-t28, doi: 10.17537/2015.10.t20 Scopus (перевод статьи: Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. О типах законов роста бактерий // Матем. Биол. Биоинформ., 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154)
  13. Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S. I., Khlebodarova T.M. Alternative splicing can lead to chaos // JBCB, 2015, V. 13. №1, 1540003. . doi: 10.1142/S021972001540003X
  14. Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V. Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa. BMC Genomics 2015, 16(Suppl 13):S2 ) doi:10.1186/1471-2164-16-S13-S2 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/S13/S2
  15. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp.293–299.
  16. Olga V Arkova, Mikhail P Ponomarenko, Dmitry A Rasskazov, Irina A Drachkova, Tatjana V Arshinova, Petr M Ponomarenko, Ludmila K Savinkova and Nikolay A Kolchanov Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. BMC Genomics 2015, 16(Suppl 13):S5 ) doi:10.1186/1471-2164-16-S13-S5
  17. Orlov Y.L., Hofestadt R.M., Kolchanov N.A. (2015) Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue. J Bioinform Comput Biol. 13(1):1502001. doi: 10.1142/S0219720015020011
  18. Ovchinnikov V.Y., Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Elena V. Kashina, Banchob Sripa, Viacheslav A. Mordvinov, Alexey V. Katokhin Identification of microRNA Genes in Three Opisthorchiids // PLOS, April 21, 2015. 9(4)
  19. Pomaznoy M.Y., Logacheva M.D., Young N.D., Penin A.A., Ershov N.I., Katokhin A.V., Mordvinov V.A. Whole transcriptome profiling of adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus // Parasitol Int. 2016 Feb;65(1):12-9. doi: 10.1016/j.parint.2015.09.002.
  20. Ponomarenko M, Rasskazov D, Arkova O, Ponomarenko P, Suslov V, Savinkova L, et al. How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter. Hindawi Publishing Corporation BioMed Research International, Volume 2015, Article ID 359835, 17 pages. http://dx.doi.org/10.1155/2015/359835
  21. Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Sequence-based prediction of transcription up-regulation by auxin in plants. // J Bioinform Comput Biol. 2015. V.13. N. 1. P. 1540009.
  22. Safronova N.S., Babenko V.N., Orlov Y.L. 117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2015 33:sup1, 73-74, DOI:10.1080/07391102.2015.1032750
  23. Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N. (2015) Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hyppocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq. Neural plasticity. Article ID 769835 (http://www.hindawi.com/journals/np/aa/769835/)
  24. Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
  25. Turnaev I.I., Gunbin K.V., Afonnikov D.A. Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Trends in Plant Science August 2015, Vol. 20, No. 8
  26. Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes. Trends Plant Sci. 2015 Aug;20(8):463-5. doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004.
  27. Ustyantsev Kirill, Novikova Olga, Blinov Alexander, Smyshlyaev Georgy. 2015. Convergent Evolution of Ribonuclease H in LTR Retrotransposons and Retroviruses // Mol. Biol, Evol., 32(5):1197-207.
  28. Zaytseva O.O., Gunbin K.V., Mglinets A.V., Kosterin O.E. Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution // Gene. 2015 Feb 10;556(2):235-44. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
  29. Аркова О.В., Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Прогноз и верификация влияния SNP rs367781716 на взаимодействие ТАТА-связывающего белка с промотором гена АВСА9 человека // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2015, Т.19, №6 (IF= 0.3)
  30. Ахметова К.А., Дорогова Н.В., Болоболова Е.У., Чесноков И.Н., Федорова С.А. Роль белка Peanut и его функциональных доменов в сперматогенезе Drosophila melanogaster // Вавил. Журн. Генетики и селекции. – 2016. – № Принято в печать.
  31. Ахметова К.А., Дорогова Н.В., Чесноков И.Н., Федорова С.А. Анализ фенотипического проявления подавления экспрессии гена peanut с помощью RNAi в оогенезе дрозофилы // Генетика. – 2015. –T. 51. – № 9. – C. 991-999. Akhmetova, K.; Dorogova, N.; Chesnokov, I.; Fedorova, S. Analysis of peanut gene RNAi in drosophila oogenesis. Russian Journal of Genetics;Sep2015, Vol. 51 Issue 9, p847. DOI: 10.1134/S1022795415090021
  32. Бабенко В.Н., Исакова Ж.Т., Талайбекова Э.Т., Асамбаева Д.А., Кобзев В.Ф., Потапова Т.А., Воевода М.И., Алдашев А.А. Полиморфизм гена TRPM8 в кыргызской популяции: возможная связь с высокогорной адаптацией // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2015;19(5):630-637. DOI 10.18699/VJ15.080
  33. Ворожейкин П.С., Титов И.И. Веб-сервер для предсказания miРНК, их предшественников и сайтов связывания // Молекулярная биология. 2015. т. 49, №5, с. 846-853 (Vorozheykin P.S. and Titov I.I. (2015) Web Server for Prediction of miRNAs and Their Precursors and Binding Sites. Molecular Biology 49(5) 755-761 )
  34. Добровольская О.Б., Понт К., Орлов Ю.Л., Сальс Ж. (2015) Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы // Вавиловский журнал генетики и селекции. 19(3):303-309.
  35. Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Колчанов Н.А. (2015) Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы // Генетика Т. 51 (4), С. 409-429. E. V. Ignatieva, O. A. Podkolodnaya, Yu. L. Orlov, G. V. Vasiliev, N. A. Kolchanov. Regulatory genomics: Combined experimental and computational approaches. Russian Journal of Genetics. Apr 2015, Vol. 51: 334-352
  36. Клименко А.И., Мустафин З.С., А. Д. Чеканцев, Р. К. Зудин, Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2015 Т.19, №6
  37. Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель // Вычислительные технологии, 2015, Т.20,№1, 38-52, РИНЦ
  38. Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л. Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C // Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:2(25), c. 129–148.
  39. Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. Циркадные часы млекопитающих: генная сеть и компьютерный анализ // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 928–938. Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., & Podkolodnyy N.L. (2015). The mammalian circadian clock: Gene regulatory network and computer analysis. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 5(4), 354-362. doi:10.1134/S2079059715040115
  40. Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2015, Т.19, №6
  41. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Биомедицинские и кандидатные snp-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2015, Т.19, №6
  42. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста // Математическая биология и биоинформатика 2015. Т. 10. № 1. С. 193–205. doi: 10.17537/2015.10.193
  43. Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2015 Т.19, №6
  44. Соколов В.С., Зураев Б.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency // Journal of Integrative Bioinformatics. 2015. Т. 12. №. 1. С. 256.
  45. Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. (2015) Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК // Программные системы: теория и приложения, 6:1(23), c. 157–174.
  46. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях // Сиб. Журн. Индустр. Матем., 2016, 19(1), C.94-105.
  47. Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным // Матем. биол. биоинформ., 2015, т.10,№1, 1-14. doi: 10.17537/2015.10.1